連関資料 :: 実験
資料:319件
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RT-PCRによる遺伝子発現解析実験
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RT-PCRによる遺伝子発現解析実験
実験日 7月12日
目的 暗所に順応させたタバコと、短時間の光照射を行ったタバコを用い、光によって転写レベルで発現誘導を受ける葉緑体遺伝子(psbD)のmRNAの変動を測定する
原理
RT-PCR : 遺伝子発現を調べる実験で、目的遺伝子の発現量が少ないとき、調整できるRNA量に限界があるときは、PT-PCRが威力を発揮する。RT-PCRはRNAを逆転者反応によりcDNAにし、これに対してPCRを行うものである。
psbD遺伝子 : 光合成の光化学系IIの反応中心タンパク質D2をコードする葉緑体遺伝子。青色光・近紫外光で特異的な発現誘導を受ける。psbD上流の光応答プロモーター(psbD LRP)が光による活性化を受ける。
実験材料
実験1
3日間暗処理を行ったタバコ(D),暗処理後4時間の光照射処理を行ったタバコ(L)
TRIzol(酸性フェノール,タンパク質変性剤) 500μl
クロロフォルム 100μl
イソプロパノール 250μl
75%エタノール 500μl
DW
実験2
RT反応液 9μl
MgCL2 5ml
10XRT buffer x1
dNTP 1mM
Rnase Inhibitor 1U/μl
AMV 逆転写酵素 0.25 U/μl
Random 9 primer 2.5μM
RNA sample 0.2μg
RNA(0.2μg/μl) 1μl
PCR反応液 40μl
5X PCR buffer x1
Ex Taq 1.25U/μl
PsbD 上流primer 0.2μM
PsbD下流 primer 0.2μM
実験3
6x loading buffer 2μl
1%アガロースゲル
実験4
・RNA loading buffer 6μl
実験方法
実験1 RNAの抽出
3日間暗処理を行ったタバコ(D)、および暗処理後4時間の光照射処理を行ったタバコ(L)をもちいた。
約100mgのタバコ葉をエッペンチューブに入れた。
直ちに500μlのTRIzolを加え、ペッセルで完全にすりつぶした。
室温で5分間静置した。
100μlのクロロフォルムを加え、15秒間手で振ってよく攪拌した。室温に2-3分間静置した。
12000xg、4℃で10分間遠心分離した。
300μlの上澄み液を別のクリーンなエッペンチューブに移した。
250μlのイソプロパノールを加え、混合した。
10分間室温で静置した。
12000xg、4℃で10分間遠心分離した。
上澄み液をピペットマンで完全に吸い取った。この時、沈殿を吸わないように注意した。
RNAの沈殿に500μlの75%エタノールを加え、エッペンチューブを軽く傾けて内壁を洗った。激しく攪拌してはいけない。
12000xg、4℃で5分間遠心分離し、上澄みを吸い取った。
5分間風乾した。
50μlのDWに溶解した。使用するまで、氷上に静置した。
サンプルを2μl取り、98μlの水で100倍希釈し、紫外線吸収を測定した(230,260,280nm)。
実験2 RT-PCR反応
各自のRNAサンプルを0.2μg /μlに希釈した。
PCRチューブにRT反応液9μlを入れた。
0.2μg /μlのRNAを1μl加えた。
反応液をピペットマンを使い静かに混合した。
スピンダウンをした。
PCR装置にセットした。
次の条件で逆転写反応を行った。
30℃ 10min
55℃ 25min
99℃ 5min
5℃ 5min
逆転写反応が終わったら、PCRチューブを氷上に置き、スピンダウン
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心理学基礎実験① 「心理学実験法についてまとめ、自分の問題意識に沿った実験のテーマや方法について考察せよ。」 課題レポートA判定
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心理学とは、一言でいえば、「行動」や「気持ち(感情)」の背景にある「心の働き」に関する疑問を研究する学問である。そしてこの疑問を研究する方法論が「心理学研究法」である。心理学研究法には、「実験法」、「観察法」、「質問紙(調査)法」、「面接法」などがある。その中でも「実験法」は中心的な方法であるといえ、最も重要な方法である。
(1)「実験法の特徴と目的」
「実験法」は、観察場面に何らかの「人為的操作」を加え、そこでの行動・事象を観察する方法である。つまり、実験は、仮説を実際の現実場面に移し、その現実場面の中で実証的に仮説を検討する方法といえる。「実験法」は、このような刺激(独立変数)と反応(従属変数)との変数間の因果関係を明らかにするための研究方法である。
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制御工学実験(周波数応答特性)
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1.実験目的
2次遅れ系を中心とした動的システムの周波数特性に関する実験を行う。加振器によって外乱が加えられ振動する1自由度振動系は、代表的な2時遅れ系である。周波数応答曲線(Bode 線図)を求めることにより、対象システムの周波数特性を理解する。また、実験全体を通して制御工学や機械振動学への理解を深め、今後の講義等に役立てるようにする。
2.実験の基礎:機械振動系
図1: 1 DOF vibration system
図1 に、典型的な1自由度振動系の簡易モデル図を示す。m は物体の質量、c は減衰係数、k はバネ定数である。このとき、システムに何らかのアクチュエータを使って制御入力u(t) を加えることが出来るものとする。また、平衡点(N. P: Natural Position)からの移動変位を出力y(t) とする。次のような伝達関数G(S) が得られる。
3.実験装置
実験対象 振動台車 1台、質量70.4 [g]
加振源 電動式加振器 EMIC 511-A
信号源 信号発生器 FG-273
測定器 各波形確認 オシロスコープ
加振変位 レーザセンサ
台車変位 ポテンショメータ
PC関係 実験用 PC-AT 互換機、Linux
I/O ボード ADM-682、 12bit A/DC
PCI-3336 16bit D/AC
データ処理用 Macintosh、MATLAB
本実験で使用した実験装置を図2に示す。
4. 周波数領域における応答特性
制御対象の周波数領域における応答は、正弦波状入力に対する定常応答であり、周波数応答と呼ばれ、非常に重要な系の特性を示す。周波数応答では、入力に対する出力の振幅比および位相ずれの2種類の情報によりその要素や系の特性を表現することが出来る。伝達関数表現はラプラス変換後のs 領域すなわち複素空間であるため、s = α + jβ において、α は一定、β のみ変化するとき、α = 0、β = ω とみなしs = jω とおき周波数応答解析する。ω は正弦波入力x(t) = Xo sin ωt の角振動数を表す。
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自分の問題意識に沿った実験のテーマや方法について
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(1)実験法について
心理的事象には複雑な要因が絡み合っていることが多く、それを一度に明らかにするのは容易な事ではない。そのため、事象に関わる条件と結果の関係を単純化し明確にすることで捉えやすくすることが必要になる。実験法とは、このような背景の下に導入された研究手法の一つである。実験法とは、他の条件による効果を全て一定に保って、一つの条件のみを組織的に操作し、変化させることで、それに伴う事象の変化を観察、測定、記録する、という方法である。
(2) 実験法の研究展開について
実験法の研究目的とは、こうした操作を繰り返し、一つ一つの要因を検証することで、事象を規定する要因を明らかにし、事象に変化を及ぼす関数関係を明らかにすることである。
実験法を用いた研究では、一般的に、?仮説の設定、?被験個体の選定、?教示(被験者に実験手順の説明を行うこと)による反応の統制、反応指標と測度の決定、?結果の分析と総合、?再び問題設定、といった実施手順となる。
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心理学基礎実験 認知的葛藤
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第一章 序論
一般的に、葛藤状態とは、同時に2つ以上の要求が存在し、しかも、目標間の誘意性の強さがほぼ等しい場合には、生物体はいずれかの目標を選択するか決定できない状態のことである。我々の日常生活の中には、日々葛藤が生じている。Lewin(1935)によれば、この葛藤には3つの基本形が存在する。第一に、2つ以上の要求に対し、いずれの要求も応じたいという接近−接近型、逆にいずれの要求も避けたいという回避−回避型、そして他の場合と違い要求が一つだけであり、この要求に対して応じたい一方で、避けたいという接近−回避型である。この3つの基本形が単独、または組み合わさることにより、葛藤状態が生じている。
では,このような葛藤が、認知的水準において起こる場合ではどうであるだろうか。人間は、外界の刺激に反応する場合に、反射などのように、常に意識的にその反応を操作することはできない。さらには色、形、大きさ、方向などといった刺激の持つ属性を選択的に取り出して、それぞれ独立に注意を払うことはできない。例えば、聴覚の場合では、男性が女性の言葉を使用するのを奇異に感じてしまう。これは、刺激の持つひとつの属性を明示する場合に、同時に必ず他の属性をも指示することになるからである。
また、視覚における認知的水準における矛盾葛藤には、Stroop Testがあり、認知心理学の課題では有名なもので1935年、John Ridley Stroop博士が考案した。彼の名前をとって一般的にはStroop testと呼ばれている。(正式にはcolor word conflict testと呼ばれている。)この課題は,単に文字を読む,色を言い当てるだけではなく,色の判断と文字を読むという二つの異なる情報が同時に脳に入ったときの「葛藤」により色を答える反応が遅くなる現象があることを教えてくれる。このことはStroop効果と呼ばれている。近年の研究では、文字を読むことは色を命名することより簡単であることが明らかになっている。
今回の実験では、単語がどのように処理されるかを明らかにするためにストループ干渉課題を用いる。この課題では、インク色と語の意味とが不一致な色単語に対して、そのインクの色を命名するように課される。すると命名に要する反応時間が増大し、反応が困難になるという認知的葛藤現象―ストループ干渉効果が生じる。この現象は、言葉の意味がインク色の認知を阻害していると考えられる。
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心理学
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ストループテスト
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伝熱工学実験(カルマン渦列)
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1. 実験の目的
模型実験に関する相似則を学ぶとともに、その応用として、円柱からのカルマン渦放出周波数の測定結果を無次元数によって整理してみることで、相似則の有効性を確認する。また本実験を通して、伝熱工学やエネルギー工学等の熱力学系の講義への理解や興味を深め、今後の講義等へいかしていけるようにする。
2. カルマン渦
流れの中に静止した物体が置かれていると、粘性の作用によってその周りの流れは減速させられ、また渦が発生する。このため物体の背後には多数の渦を伴う速度の遅い領域が形成される。これを後流(wake)と呼んでいる。一般にこの領域内の渦はしだいに減衰し、また速度の低い領域は次第に広がって、もとの一様な流れへと戻っていく。しかしある条件のもとでは渦のエネルギーが集まって、規則正しい渦列が長く持続する。たとえば円柱の後流には円柱の両側から回転方向が逆の渦が交互に発生し、千鳥状の配置をした規則正しい渦列が形成される。風の強いとき、電線や隙間風が音を立てるのはこの渦列による振動音である。 Benardはこの現象を始めて実験的に研究した。またKarmanはこれを理論的に解析した結果、このような渦列が形を崩さずに進むためには、渦列の幅bと間隔aの比がb/a = 0.2806でなければならないことを証明した。これは実際の観測値と良く一致している。そこでこの渦列をK arm an渦列と呼ぶ。
今回の実験では、カルマン渦列の周波数が流速や円柱径によってどのように変化するかを調べてみる。ここで図1に油の流れ中生じる円柱の伴流内の条線を示す。
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