B11―生物物理実験

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    1.目的
      生物学的に興味のある現象について,その現象に関わる化学物質の構造や電子状態などを,量子化学計算を用いて予測し,その現象の発生機構やその状態における分子状態について考察する.
    2.概要
    生物の遺伝情報を担う遺伝子にはアデニン・チミン・グアニン・シトシンからなる塩基対より構成され,これらはタンパク質と比べる小さい分子でありながら果たす役割は極めて重要である.本実験では,タンパク質や遺伝子,あるいは生物学的に興味のある現象について,その現象に関わる化学物質の構造や電子状態などを量子化学計算により予測し,現象の理解を深めると共に、分子モデリングや物性予測といったコンピューター化学の分野を体験してみる.
    3.実験方法
      〈MOPACおよびMOS-F分子起動計算〉
       本実験では,MOPACおよびMOS-Fプログラムによる半経験的分子起動計算を用いて結果を得ることとしている.この計算方法は,計算に必要ないくつかのパラメーターに対して,予め実際の分子の諸性質を再現するように定められた経験的な値を与えることにより,計算量の激減をはかり,かなり大きな分子に対しても計算を高速かつ可能にし..

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